Perjalanan panjang sebelum menjadi IAKN Ambon dimulai dari adanya PGA (Pendidikan Guru Agama) dan pada tahun 1992 oleh instruksi Dinas Pendidikan maka PGA diharuskan untuk terakhir kalinya menerima siswa baru karena sejalan dengan itu PGA mesti ditutup. Seiring berjalannya waktu, maka dibentuklah LPTK (Lembaga Pendidikan Tinggi Kristen) pada tahun 1993 yang dipimpin oleh Drs. E. Rugebregt untuk menyelenggarakan program D2/D3 dan ujian negara afialiasi dengan Universitas Kristen Indonesia Maluku (UKIM). Pada tahun 1997 LPTK menjadi APTK (Akademi Pendidikan Tenaga Keguruan) dan pada bulan Maret 1997 resmi menjadi APTKN dengan Th. Heumasse, SH sebagai Direktur. Setahun berjalan dan pada tahun 1998 APTKN berubah menjadi APGAKPN (Akademik Pendidikan Guru Agama Kristen Negeri) yang diresmikan langsung oleh Tarmizi Taher yang adalah Menteri Agama RI dan mengangkat Drs. Listen Sirait sebagai Direktur. Seiring dengan waktu dan bahkan ditengah-tengah konflik sosial yang berdampak langsung pada masyarakat kota Ambon yang terjadi pada januari 1999, dan di tahun yang sama pula diterbitkan Surat Keputusan Presiden RI tentang peningkatan status dari APGAKPN menjadi Sekolah Tinggi Agama Kristen Negeri (STAKPN) Ambon, dan pada tanggal 25 April 2000 diresmikan oleh Menteri Agama RI Toha Hassan. Dengan diterbitkannya KEPPRES NO 19 Tahun 1999 tentang Pendirian STAKPN Ambon, PMA No 86 Tahun 1999 tentang Organisasi dan Tata Kaerja STAKPN Ambon, PMA No 155 Tahun 1999 tentang STATUTA STAKPN Ambon, dan dipimpin oleh seorang Ketua yaitu (Plh) R. Souhaly, SH, sampai pada tahun 2003, Ketua STAKPN Ambon definitif ditetapkan kembali kepada R. Souhaly, SH periode 2003-2007, 2007-2011. Pada tahun 2012 seiring berakhirnya masa kepemimpinan R. Souhaly, SH., MH, maka berdasarkan STATUTA STAKPN Ambon maka Ketua STAKPN Ambon yang beru dipilih melalui Rapat Senat Perguruan Tinggi dan terpilihlah Dr. Agusthina Christina Kakiay, M.Si menjadi Ketua STAKPN Ambon hingga STAKPN Ambon ditingkatkan statusnya menjadi Institut Agama Kristen Ngeri (IAKN) Ambon berdasarkan Surat Keputusan Presiden RI tanggal 8 Agustus 2018. Berdasarkan KEPPRES No 12 Tahun 2018 tentang Pendirian IAKN Ambon, PMA No 18 Tahun 2018 tentang Organisasi dan Tata Kerja IAKN Ambon, PMA No 22 Tahun 2018 tentang STATUTA IAKN Ambon maka pada tanggal 27 Oktober 2018 melalui Menteri Agama RI Lukman Hakim Saifuddin diresmikan dan Dr. A.Ch. Kakiay, sebagai Rektor IAKN Ambon. Demikian sejarah singkat berdirinya Institut Agama Kristen Negeri (IAKN) Ambon.
