IAKN Ambon secara institusi terakreditasi "B", sertifikat akreditasinya dapat di download pada link disamping ini : Akreditasi Institusi
Prodi S1 Pendidikan Agama Kristen terakreditasi "A", sertifikat akreditasinya dapat di download pada link disamping ini : Akeditasi Prodi S1 PAK
Prodi S1 Teologi terakreditasi "B", sertifikat akreditasinya dapat di download pada link disamping ini : Akreditasi Prodi S1 Teologi
Prodi S1 Pastoral Konseling terakreditasi "B", sertifikat akreditasinya dapat di download pada link disamping ini : Akreditasi Prodi S1 Pastoral Konseling
Prodi S1 Pendidikan Kristen Anak Usia Dini terakreditasi "B", sertifikat akreditasinya dapat di download pada link disamping ini : Akreditasi Prodi S1 Pendidikan Anak Usia Dini
Prodi S1 Musik Gereja terakreditasi "B", sertifikat akreditasinya dapat di download pada link disamping ini : Akreditasi Prodi S1 Muger
Prodi S2 Pendidikan Agama Kristen terakreditasi "B", sertifikat akreditasinya dapat di download pada link disamping ini : Akreditasi Prodi S2 PAK
Prodi S2 Musik Gereja terakreditasi "B", sertifikat akreditasinya dapat di download pada link disamping ini : Akreditasi Prodi S2 Muger
Prodi S3 Pendidikan Agama Kristen terakreditasi "C", sertifikat akreditasinya dapat di download pada link disamping ini : Akreditasi S3 PAK