Sejarah panjang Institut Agama Kristen Negeri (IAKN) Ambon merupakan bukti komitmen dan transformasi berkelanjutan dalam dunia pendidikan keagamaan Kristen di Maluku. Berikut adalah tonggak-tonggak penting perjalanan institusi ini:
Era Awal: Dari PGA ke LPTK
1992 (Pendidikan Guru Agama): Perjalanan institusi berakar dari Pendidikan Guru Agama (PGA). Pada tahun ini, berdasarkan instruksi Dinas Pendidikan, PGA menerima siswa baru untuk terakhir kalinya sebelum program ini ditutup.
1993 (LPTK): Sebagai kelanjutan, dibentuklah Lembaga Pendidikan Tinggi Kristen (LPTK) yang dipimpin oleh Drs. E. Rugebregt. LPTK menyelenggarakan program D2/D3 dan ujian negara yang berafiliasi dengan Universitas Kristen Indonesia Maluku (UKIM).
Masa Transisi Akademi (1997-1998)
Maret 1997 (APTKN): LPTK bertransformasi menjadi Akademi Pendidikan Tenaga Keguruan (APTK), dan kemudian resmi menjadi Akademi Pendidikan Tenaga Keguruan Negeri (APTKN) dengan Th. Heumasse, SH sebagai Direktur.
1998 (APGAKPN): Setahun berselang, APTKN berubah status menjadi Akademi Pendidikan Guru Agama Kristen Negeri (APGAKPN). Institusi ini diresmikan oleh Menteri Agama RI, Tarmizi Taher, dan Drs. Listen Sirait diangkat sebagai Direktur.
Transformasi menjadi Sekolah Tinggi (STAKPN Ambon)
1999 (Peningkatan Status): Meskipun di tengah tantangan konflik sosial yang melanda Ambon pada Januari 1999, institusi ini berhasil meningkatkan statusnya. Berdasarkan Keppres No. 19 Tahun 1999, APGAKPN berubah menjadi Sekolah Tinggi Agama Kristen Negeri (STAKPN) Ambon.
April 2000 (Peresmian STAKPN): Pada tanggal 25 April 2000, STAKPN Ambon diresmikan oleh Menteri Agama RI, Toha Hassan. Organisasi dan tata kerja diatur melalui PMA No. 86 dan PMA No. 155 Tahun 1999.
Kepemimpinan STAKPN: Pada masa awal, STAKPN dipimpin oleh R. Souhaly, SH sebagai Pelaksana Harian (Plh), yang kemudian ditetapkan sebagai Ketua definitif untuk periode 2003-2007 dan 2007-2011.
2012 (Estafet Kepemimpinan): Seiring berakhirnya masa jabatan R. Souhaly, SH., MH., melalui Rapat Senat Perguruan Tinggi terpilihlah Dr. Agusthina Christina Kakiay, M.Si sebagai Ketua STAKPN Ambon yang baru.
Menjadi Institut Agama Kristen Negeri (IAKN) Ambon
Agustus 2018 (Peningkatan menjadi Institut): Berdasarkan Surat Keputusan Presiden RI No. 12 Tahun 2018 tanggal 8 Agustus 2018, status STAKPN Ambon resmi ditingkatkan menjadi Institut Agama Kristen Negeri (IAKN) Ambon. Hal ini turut didukung oleh PMA No. 18 Tahun 2018 tentang Organisasi dan Tata Kerja, serta PMA No. 22 Tahun 2018 tentang Statuta IAKN Ambon.
Oktober 2018 (Peresmian IAKN): Pada tanggal 27 Oktober 2018, IAKN Ambon diresmikan oleh Menteri Agama RI, Lukman Hakim Saifuddin, dengan Dr. A.Ch. Kakiay, M.Si dilantik sebagai Rektor IAKN Ambon.
Demikianlah sejarah singkat transformasi kelembagaan yang membentuk Institut Agama Kristen Negeri (IAKN) Ambon seperti yang kita kenal saat ini.